На этапе реализации экспертной системы происходит физическое наполнение базы знаний и настройка всех программных механизмов в рамках выбранного инструментального средства, а при необходимости и допрограммирование специализированных модулей программного инструмента.
Особенности реализации экспертной системы во многом определяются характером инструментального средства, в качестве которого могут выступать программные оболочки (shells), генераторы (интегрированные среды), языки представления знаний (языки программирования). Так, оболочки имеют реализованные механизмы вывода, накопления, объяснения знаний, диалоговый компонент, что, с одной стороны, упрощает разработку программной части экспертной системы, поскольку не требуется программирование, а с другой стороны, усложняет разработку базы знаний вследствие возможного несоответствия формализма системы требованиям структуры. Использование языков представления знаний таких как: язык логического программирования PROLOG, язык функционального программирования LISP, язык объектно-ориентированного программирования SmallTalk, язык продукционных правил OPS5 и др. повышает гибкость разрабатываемой системы и одновременно увеличивает трудоемкость разработки.
Наиболее приемлемыми инструментальными средствами для создания экспертных систем являются генераторы или интегрированные среды разработки, например, G2 (фирма Gensym, дистрибьютор фирма ArgusSoft), ART-Enterprise (фирма Inference, дистрибьютор фирма Метатехнология), GURU (фирма MDBS, дистрибьютор фирма ЦПС Тверь), которые позволяют настраивать программные средства на особенности проблемных областей, при необходимости предоставляют возможность программировать на встроенных языках четвертого поколения и осуществлять эффективный экспорт/импорт данных с другими инструментальными средствами.
Среди отечественных разработок следует отметить экспертную оболочку ЭКО (ArgusSoft) и программный комплекс SIMER - MIRAGE (Исследовательский центр искусственного интеллекта ИПС РАН), который предоставляет инструментальные средства как автоматизации разработки, так и поддержки экспертных систем.
Инструментальные средства создания и поддержки экспертных систем являются дорогостоящими продуктами и стоят от тысяч до десятков тысяч долларов. Однако, для готовых баз знаний инструментальные средства могут поставляться в исполнительской версии (RUN-TIME) на порядок дешевле.
Цена предметно-ориентированных систем может быть на порядок выше универсальных, преимущество же их заключается в более простой адаптации к конкретной предметной области, а следовательно, и в сокращении затрат на разработку. Например, интеллектуальная система для разработки финансовых приложений Cogensys Judgment Software (Cogensys Corp) стоит 200 тыс. долл.